ב-4 בספטמבר 2011 פסק בית הדין הארצי לעבודה כי התפטרותם של 1,067 מתמחים אינה בתוקף ; המאבק המשיך

ב-4 בספטמבר 2011, יום כניסתה לתוקף של התפטרות של 1,067 מתמחים, פסק בית הדין הארצי לעבודה שההתפטרות בטלה, משום שהיא צעד ארגוני בלתי חוקי, וקרא למתמחים לשוב לעבודה סדירה. המתמחים צייתו לפסק הדין, אך בעקבותיו הגישו בהדרגה 812 מתמחים מכתבי התפטרות אישיים, כדי שהתפטרותם לא תבוטל על ידי בית הדין.

ב-10 באוקטובר, במקביל לדיונים בין המתמחים לאוצר, נכנסה לתוקף התפטרותם של מאות מתמחים, ואלה לא הגיעו לעבודתם, צעד שגרם לשיבוש פעילותם של בתי החולים. כעבור יומיים פסק בית הדין הארצי לעבודה שגם התפטרות זו אינה צעד אישי אלא צעד ארגוני בלתי חוקי, והורה למאות המתפטרים לשוב לעבודתם.

ב-17 באוקטובר עתרו המתמחים לבג”ץ בבקשה לבטל את צווי המניעה שהוצאו נגדם. ב-15 בנובמבר נעדרו מאות מתמחים מעבודתם, ויותר מ-200 רופאים מומחים, ובהם מנהלי מחלקות, הגישו גם הם את התפטרותם. ב-17 בנובמבר, בדיון בבג”ץ, דחתה נשיאת בית המשפט העליון, דורית ביניש, את בקשת המתמחים לבטל את צווי המניעה שהוצאו נגדם

ב-7 בדצמבר 2011 הגיע המשבר לסיומו, עם חתימה על הסכם בין הרופאים המתמחים למשרד האוצר, שבו הובטחו למתמחים הטבות אחדות, ובהן מענק של 60,000 ש”ח לכל רופא מתמחה עד סוף תקופת ההתמחות והבטחה לבחון מחדש את ההסכם הקיבוצי לאחר שלוש שנים.

על רקע משבר ציבורי נרחב במערכת הרפואה הציבורית בישראל ובמאבק שתחילתו במאבק הרופאים ב-20 במרץ 2011 אז הוכרז סכסוך עבודה ומיד לאחר מכן בשביתה שנכנסה לתוקפה ב-5 באפריל. כמו כן, נלוו לשביתה צעדי מחאה נוספים, ובהם הפגנות, צעדת מחאה, שביתת רעב והתפטרות המונית. השביתה התנהלה תחת הסיסמא: “להציל את הרפואה הציבורית בישראל”.

דרישות הרופאים: העלאת שכר השעה ב-50%.
שמירה עתידית על השכר הריאלי של הרופאים. שיפור הביטוח הפנסיוני לרופאים. מציאת פתרון לבעיית המחסור ברופאים, ובפרט הגדלת מספר התקנים. מתן מענה למקצועות רפואיים שבהם יש מחסור במצטרפים חדשים. שיפור תנאי עבודתם של הרופאים המתמחים, המהווים כ-22% מאוכלוסיית הרופאים בישראל. קידום הרפואה בפריפריה, באמצעות הפניית משאבים נוספים לבתי החולים ולמרפאות בפריפריה.

באוגוסט 2011 נחתם הסכם קיבוצי עם הר”י, המתמחים הודיעו שאינם מקבלים אותו והמשיכו במאבקם, כשהבינו שהשעה היא קריטית ובאין שותף אמיתי למאבקם. הם בלית ברירה החריפו את הצעדים הפעם ללא כל תיאום עם הר”י, המתמחים שהושמו בחזית על ידי הר”י, כעת הבינו שהכוח אצלם, ושינו את חוקי המשחק עם מחאה היסטורית שלא נראתה עד כה במערכת הבריאות, במהלכה יצאו המתמחים להפגנות בכל רחבי הארץ, חסמו צמתים, יצאו לתהלוכה למשרדי הר”י ברמת גן, פתחו בשביתות איטלקיות. שיאה של המחאה היתה כמובן התפטרות המונית של כ- 800 מתמחים ופתיחת חדר מצב בשל כך במשרד הבריאות, מה שחייב את ראשי המערכת לבוא איתן במו”מ מיידי.

בדצמבר 2020 מחאת המתמחים התחדשה על רקע שעות עבודה ארוכות ושכר נמוך, המאבק הובל ומובל על ידי ארגון מרשם – ארגון המתמחים לרפואה בישראל, בארגון חברים 1,000 מתמחים וראש הארגון היא דר’ ריי ביטון. הדרישה המרכזית נוגעת להקצאת תקנים חדשים שיאפשרו הפחתת שעות עבודה, במסגרת פיילוטים חדשים ובהתאם להסכם הקיבוצי שנחתם ב-2011 בין האוצר למתמחים